Berdirinya SMK Muhammadiyah Lebaksiu merupakan program Pimpinan Cabang Muhammadiyah Lebaksiu Periode 2005- 2010 yang diketuai oleh Ir.H.Nuraidin almarhum tertuang dalam program Majlis DIKDASMEN Pimpinan Cabang Muhammadiyah Lebaksiu yang diketuai oleh Bpk.Sabeni,S.Pd dilandasi atas pentingya membuka lembaga pendidikan menengah atas mengingat di PCM Lebaksiu sudah memiliki jenjang pendidikan SMP dan TK yang diasuh oleh Aisyiah.Tidak terkecuali keberadaan jenjang SD yang menjadi pemikiran PCM saat itu,namun skala prioritasnya adalah mendirikan SMK Muhammadiyah Lebaksiu dengan kompetensi keahlian farmasi,sehingga orang sering menyebutnya SMK Farmasi Muhammadiyah Lebaksiu.
Mendasari program Majlis DIKDASMEN tersebut kemudian Majlis DIKDASMEN membuat tim dengan nama tim sebagai berikut : (terlampir) berbeda dengan tim yang terbentuk diatas tim kecil telah mengawali study banding tim ke Cirebon pada tanggal 13 juni 2003 yang dikordinasikan oleh Ketua PCM periode 2000 - 2005 yaitu Bpk.Muh.Karsan,tim yang terdiri dari H.Muhammad Karsan,H.Nuraidin (almarhum),h.Mufsis Susalit,Dimyati,SE,MM dan Akhmad Rizal,S.Ag berkunjung ke sekolah menengah farmasi (SMF) di ceribon untuk menimba ilmu proses pendirian,prospek dan kurikulum SMF kedepan,dan kami mendapat sambutan hangat,respon baik sehingga kami pulang merasa penuh harap akan segera berdiri SMF Muhammadiyah Lebaksiu,karena kami sudah tidak memikirkan sarana prasarana lagi karena SMP Muhammadiyah Lebaksiu banyak ruang kelas sisadari ruang kelas yang ada satu pemikiran mendasar kami membuka SMK atau pendidikan tingkat atas.Namun perasaan penuh harap pupuslah sudah setelah menerima surat edaran dari asosiasi SMF se Indonesia yang menyatakan bahwa perkembangan / pembukaan SMF ditangguhkan mengingat sudah jenuh atas edaran surat itu lalu sementara tim tiarap,mencari aspirasi dan sambil penataan kedalam.
Jadi tidak ada lagi sekolah menengah farmasi (SMF) adanya Sekolah Menengah Kejuruan Farmasi,farmasi industry dan atau analis kesehatan,keperawatan.Hal inilah yang menjadikan miss komunikasi antara keinginan kami sebagaimana kebijakan diatas,sementara pengertian Dinas Pendidikan Pemuda dan Olah Raga Kabupaten Tegal tidak ada SMK Kesehatan karena SMK kesehatan dan sudah melebur ke D3 akhirnya kami mencari tahu ke lembaga yang lebih tinggi kami difasilitasi oleh Bapak Munawar soleh selaku anggota DPR RI komisi 10 menghadap ke Direktur SMK Bapak Djoko Sutrisno dilantai 17 gedung D kemendiknas Jakarta,berkat arahan dan petunjuk beliau kembali kami ke Tegal dan Alhamdulillah 25 Maret 2008 SMK Muhammadiyah Lebaksiu bersama.